都道府県単位ごとのすべての市区町村で構成する「後期高齢者医療広域連合」が制度の運営主体となります。
広域連合においては、被保険者証の交付などの資格管理、保険料の決定、医療の給付などを行い、市区町村においては保険料の徴収及び申請や届出受付などの窓口業務を行います。

かかった医療費から患者負担分を除き、国・都道府県・市区町村の公費（約５割）、現役世代からの支援（約４割）のほか、高齢者から広く保険料（約１割）を徴収します。
現役世代からの支援は、国民健康保険・被用者保険者の加入者数に応じた保険者からの支援金となります。